国库集中支付制度的建立，必须与财政资金的管理运转特性相符合。财政资金不同于以增值为主要目的的民间资金，其使用必须体现出政策性强、控制性高、透明性大、效益性好的特点。据此，建立国库集中支付制度应把握如下原则：一是效益性原则，即能够对政府资金实施最有效的管理，不仅确保资金成本最低，而且能够以最快的速度发挥财政资金的作用;二是控制性原则，即能够对资金实行控制和管理，保证用于预算规定的用途;三是政策性原则，即能够保证资金为实现国家财政政策目标服务;四是透明性原则，即资金的使用避免层层划拨带来的不公开、不透明。
根据上述原则，理想的国库集中支付模式是借鉴西方发达国家的做法，建立独立的国库核算机构，财政资金完全由国库单一账户来管理和核算。但由于我国集中支付起步较晚，相关改革尚未完全到位，还存在一些短期内难以解决的问题，要一步到位，难度很大。笔者仅对目前建立具有我国特色的国库集中支付模式提出如下设想：
—、机构设置
建立国库集中支付必须要有专门的管理机构。按照我国现阶段实际情况，国库集中支付管理机构设置在财政内部比较可行，由两部分组成，一是财政内部国库管理机构，二是作为财政部门下属的集中支付机构，财政国库管理机构对集中支付机构起指导和监督的作用。此机构设置方式比较符合过渡时期实施集中支付的形势和业务需要。
二、财政内部机构的职责划分
按照现阶段建立国库集中支付模式的构思和相应的机构设置，实行国库集中支付制度后，财政内部业务将主要分成预算编制和预算执行两大环节，预算编制主要由编制机构来实施，预算执行主要由国库管理机构和集中支付机构来承担。这使得财政预算编制机构、财政国库管理机构、财政集中支付机构成为实施国库集中支付体系的三大主体。这三个核心主体的职责分别为：
财政预算编制机构根据收入预算具体编制部门支出预算，并编制到人到物，尽可能全面、细化。
财政国库管理机构在人民银行开设总资金账户，统一对财政预算内外资金进行管理，资金核算范围主要是：以前年度政府资金余额;税收、非税收收入及赠款;国有企业股息及利息;中央银行和国有金融机构利润;政府投资收益;国有资产销售收入;政府贷款归还收入;政府借款收入;预算外资金收入及其他财政收人。该机构还对集中支付和政府采购等工作进行业务上和政策上的指导和监督。财政集中支付机构要按照统一管理预算单位支出的需要，分类分户设置账户，并严格按照预算指标进行资金拨付和账务处理。
按照以上职责的划分，财政国库管理机构和财政集中支付机构业务联系十分紧密，国库管理机构的资金管理和核算内容，相当于目前总预算会计的角色，而集中支付机构主要集中处理和核算各预算单位支出，相当于财政管理机构的二级明细核算。
三、国库单一账户及预算部门资金账户设置
国库集中支付制度一个重要的方面就是实行单一账户制度，按照西方及经合组织成员国的做法，就是在中央银行开设财政部门的总资金账户，财政资金均由此账户进行管理和划拨，各预算部门不再设置资金账户。经过各国多年的实际运作证明，这种方式起到了规范财政支出，提高财政资金效益的作用。我国进行的国库集中支付制度应予以借鉴，而且根据集中支付的要求，以后也必将过渡到以人民银行国库部门代理单一账户的方式。但就目前而言，以人民银行国库部门代理单一账户方式有较大的困难。一是目前人民银行国库部门的资金拨付方式是曲线拨付，而不直接参与联行的直接交换，各项支出均由会计部门代为与其他联行往来。此种资金结算方式，相当于在人民银行内部再进行一次结算后，再参与各商业银行的联行往来，依据现状，目前比较可行的账户设置方式为，财政国库管理机构在人民银行国库开设单一账户，财政全部资金统一纳入该账户中管理，同时财政集中支付机构在商业银行开设普通存款账户，并在此账户下为预算拨款单位建立分类分产资金账户。财政国库管理机构按照预算，将资金拨付到集中支付机构开设的统一账户中，由集中支付机构具体办理资金划拨和现金支付。这种方式有两大优势：一是阻力和压力比较小，可以在短期内迅速大面积铺开;二是可以避开一些近期难以解决的技术问题，如人民银行国库暂时无法直接进行联行支付的问题。但此方式只是过渡时期的集中支付账户管理模式，单一账户将来还要转到中央银行进行统一管理。
财政部门实行单一账户后，相应的也应对各预算单位的账户进行改革。关于预算单位的账户设置，鉴于各地区不同的管理体制和预算单位业务量的多少不同，目前有几种模式可供选择：
一是完全取消预算单位资金账户，财政集中支付机构代理记账，并统一进行账务处理。同时各级预算单位取消会计岗位，撤销银行账户，其现金、转账、汇兑等资金结算和行政经费、事业费、专款的拨入、支出、往来款项的收付以及日常会计核算监督、会计报表编制、会计档案管理等工作，统一由集中支付机构办理和承担。这种方式，财政集中支付部门的业务核算量较大，比较适合于乡镇和县区级、中央、省级财政部门也可采取此模式，但对集中支付中心的业务管理及电子核算要求较高。
二是保留预算单位资金账户，进行备用金核算的管理方式。此方式是第一种方式的变通模式，随着统一发放工资改革、政府采购制度改革的完善，预算单位的主要资金基本由财政统一集中支付，剩余的资金是数量少事项杂、资金量和重要性都比较小的日常零星支出。这些支出主要是日常的水、电、差旅等公用开支等，统一进行集中核算，财政部门业务量巨大。按照这些资金的特点，可采取留用备用金的核算方式，即单位资金账户仍然保留，但只限定规定数额的备用金存储，预算单位日常零星开支可在核定的备用金数额内自行支付，备用金额度不足可随时到财政集中支付机构进行资金请拨申报，财政集中支付部门在审核各预算部门的合理开支后，按备用金限额对单位备用金账户拨款，补足各用金数额。此方式对财政部门人手不足，且预算单位此类业务量巨大的地区比较适合，具体备用金的管理方式可由各地根据实际情况制定，备用金管理方式也可采用现金支付卡、国库支票等方式。
三是保留预算单位资金账户，实行会计委派制度。即各预算单位资金账户继续保留，大部分资金实行集中支付，暂时无法集中支付的资金继续按原渠道拨付预算单位自行核算。为了加强资金管理，预算单位的会计实行委派制度。这是目前阻力最小、比较容易做到的一种模式，但离国库集中支付制度的要求相差较远，比较适合预算单位离集中支付中心较远，或预算单位业务量巨大，财政部门短期内无法承担的地区采用。
对预算部门资金的账户管理方式，在财政部门集中支付没有完善前各地区可自行设置，可根据本地区的实际情况采取某一方式或结合采用，但总的原则是尽量减少中间资金账户的建立，所有财政资金能直接拨付的直接拨付，减少资金转拨环节，而且随着集中支付制度的完善，预算单位的资金账户应逐步减少直至取消。
四、财政支出细化
为便于集中支付，应对财政支出按性质进行分类，针对资金的不同性质通过不同途径和方式进行管理和支付。一是直接支出，也称采购性支出，由政府采购管理部门通过对招投标过程和合同的履行情况进行监督，并根据合同金额通知集中支付机构安排拨款。二是间接支出，也称为转移支出，主要包括对个人(如工资、社会保障等)、对企业的补贴、对下级的转移支付支出等，它的特点是不能直接形成购买力，这部分支出由集中支付机关按预算和支出进度安排拨款。
对于这两种支出的核算，直接支出管理比较简单，集中支付机构根据政府采购机构提供的采购协议以及相关验收文书通过银行即可直接将资金划拨到供货商账户，完成支出过程。间接支出的支付比较复杂些，按照间接支出金额和性质，又可分为大额集中开支和小额零星开支，大额集中开支，如统发工资、上下级转移支付等;小额零星开支，如单位日常公务开支等。大额集中开支核算，按照改革后国库集中支付模式也较为简单，如统发工资，集中支付机构根据统一发放工资系统，将当月工资发放额度提交财政国库管理机构，国库管理机构按照此额度将款项一笔拨付至工资代理发放银行。小额开支十分繁杂，较难处理，各地可根据预算单位账户管理模式建立相应的核算体系，如取消单位账户可由财政集中支付机构全部核算，对继续保留单位账户的可由各预算单位负责此块资金的开支和核算。
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