如同学校其他教育工作一样，学校心理健康教育也是一项复杂的系统工程，具有很强的科学性、知识性、专业性和技术性，在实际开展过程中，必须采取科学的方法和态度，除遵循学校教育的一般原则之外，还要遵循学校心理健康教育自身所特有的原则。学校心理健康教育的原则，是长期实践工作的规律概括和经验总结，是根据学校教育的特殊要求和心理健康教育的任务确立的，它是学校开展心理健康教育工作必须遵循的基本要求，对实际工作的开展具有指导意义。
那么，当前学校心理健康教育到底有哪些必须遵循的工作呢?对此，理论工作者和教育实践工作者的意见分歧较大，众说纷坛，无论是原则的名称、内容，还是原则的数量和种类，都难有一致的观点。此种局面虽然有利于学术的繁荣和发展，但也带来一些不可避免的混乱，使广大教育实践工作者产生困惑。这在客观上不利于学校心理健康教育的科学性、规范性和有效性。因此，当前对学校心理健康教育的原则进行认真研究是非常必要和重要的。根据学校心理健康教育的现实状况和实际需要，我们认为教育性、全体性、差异性、主体性、整体性和保密性都是当前学校开展心理健康教育应该首先必须遵循的原则，同时它们也是最主要的六个原则。
一、主体性原则
是指学校心理健康教育要以学生为主体，所有工作要以学生为出发点，同时要使学生的主体地位得到实实在在的体现，把教师的科学教育与辅导和学生的积极主动参与真正有机结合起来。主体性原则集中而直接地体现了学校心理健康教育的关键特征，主体性原则要求教育者的心理健康教育，要充分尊重学生的主体地位，充分发挥学生主体作用。这是因为，首先心理健康教育的目的在于促进学生成长和发展，而成长和发展从根本上说是一种自觉和主动的过程，如果学生没有主动意识和精神，处在被动的地位，教育就成为一种强制性行为，变得毫无意义。其次，心理健康教育是一种助人与自助的活动，"助人"是手段，让学生"自助"才是目的。要达到自助的目的，只有让学生以主体的身份直接参与这一活动，此目的方可达到。另外，青少年时期是学生自我意识。独立性迅速发展的时期，心理健康教育贯彻主体性原则，不仅发挥了学生的主体作用，还使学生追求的需要得到满足。 贯彻主体性原则，要做到：所有的心理健康教育工作和活动都要首先从学生的实际状况和需要出发，以学生现实生活和存在的问题为基准，以达到学生心理健康水平和心理素质提高为目的;尊重学生主体地位，发挥学生的主体作用，鼓励学生自我选择和自我指导，促使学生自知、自觉、自助，不能采取强制手段，也不能替代学生解决他们自身存在的问题。
二、全体性原则
是指心理健康教育要面向全校所有学生，全体学生都是心理健康教育的对象和参与者，学校的一切教育特点是心理健康教育的设施、计划、组织活动都要着眼于全体学生的发展，考虑到绝大多数学生的共同需要和普遍存在的问题，以绝大多数直至全体学生的心理健康水平和心理素质的提高为学校心理健康教育的基本立足点和最终目标。确立与强调面向全体学生的心理健康教育原则，是与当前学校心理健康教育的任务、客观条件和学生实际存在的问题及需要密切联系在一起的。学校心理健康教育的主要任务和工作重点，是努力提高全体学生的心理健康水平和心理素质，惟有以全体学生为服务对象，才能实现教育目标。如果只是面对个别学生，是无法实现这一目标的。即便是个别学生的心理问题得到了解决
三、保密性原则
是指学校心理健康教育过程中，教育者有责任对学生的个人情况以及谈话内容等于以保密，学生的名誉和隐私权应受到道义上的维护和法律上的保障。保密性原则是学校心理健康教育极其重要的原则，是鼓励学生畅所欲言和建立相互信任的心理基础，同时也是对学生人格及隐私权的最大尊重。在心理健康教育过程中，尤其是个别教育与辅导过程中，学生会向教育者泄露很多个人的秘密、隐私、缺陷，以及由此而产生的心理和行为的困扰、矛盾、冲突等。教育者有责任，有义务对所有这些信息保密。除此之外，还不得对外公布求助学生的姓名，拒绝任何关于求助学生的调查，尊重求助学生的合理要求等等，这些都是保密的范围。失密，对教育者来说，就是失职，对教育机构来说，就是威信和名誉的丧失。不仅要受到良心的折磨和舆论的谴责，而且要负法律责任。
四、教育性原则
是指教育者进行心理健康教育的过程中根据具体情况，提出积极中肯的分析，始终注意培养学生积极进取的精神，帮助学生树立正确的人生观、价值观和世界观。心理健康教育是社会精神文明建设的重要组成部分，要充分体现社会精神文明的特征，以及它的时代性和进步性。贯彻教育性原则，要求做到：首先要以马克思主义辩证唯物论的思想和观点作指导，充分考虑中国的实际情况和中华民族的文化特色，有选择的借鉴西方关于学校心理健康教育的理论方法和技术，不能照搬照抄。其次是把心理健康教育与学生的道德品质教育、思想政治教育等结合起来，使心理素质、道德品质、思想觉悟的培养与提高相互影响，相互促进，统一发展。再次，重视正面的启发教育和积极引导，培养学生积极进取、乐观向上的精神，帮助学生树立正确的人生观、世界观和远大理想。
五、整体性原则
是指学校心理健康教育过程中，教育者要运用系统论的观点指导教育工作，注意学生心理活动的有机联系和整体性，对学生的心理问题作全面考察和系统分析，防止和克服教育工作中的片面性。学校心理健康教育追求学生人格的整体性发展，最终达到提高学生心理素质和整体素质的目的。从社会价值取向看，它重视学生德智体美全面发展;从学生自我完善的需求看，它注重学生知、情、意行几方面协调发展。从系统的观点出发，学校心理健康教育的对象是一个完整的活生生的人，而人的心理也是一个有机整体。所以，学校心理健康教育工作，绝不能"头痛医头，脚痛医脚"，就事论事。而应从个体心理的完整性和统一性，个体身心因素与外部环境的制约性、协调性等综合因素出发，全面把握和分析学生心理问题的成因，来采用相应的教育与辅导对策。只有这样，才能使学校心理健康教育工作更富有成效，更有意义。 贯彻主体性原则，要做到：树立学生全面发展的观点，教育活动时刻要关注学主人格整体的完整和身心素质的全面提高;对学生心理问题的分析，要从整体、全局、多方面的角度进行，把内外因、主客观、家庭社会学校和个人诸因素综合起来;对学生心理问题的教育与辅导要采用综合模式，不局限于某一种方法和技术。
六、差异性原则
是指学校心理健康教育要关注和重视学生的个别差异，根据不同学生的不同需要，开展形式多样的、针对性强的心理健康教育活动，以提高学生的心理健康水平。人是有差异的，青少年学生也不例外，他们具有自己的个性特点，拥有不同的社会背景、家庭环境、生活经验和价值观念。学校心理健康教育不是要消除这些特点与差异，相反是要使学生的差异性、独特性最合适而完美地展示出来，也可以说，这是学校心理健康教育的精髓所在。强调差异性，也就是要求心理健康教育同学校教育教学工作一样，因材施教，有的放矢，重视个别差异，根据学生心理发展特点和身心发展规律，有针对性实施教育，使每个学生的心理健康水平得以提高，最终实现全体学生心理素质的提高。
根据我国青少年身心发展特点，以及学校心理健康教育的目标、任务和形式等，在开展学校心理健康教育实际工作过程中，以及具体贯彻学校心理健康教育原则时，既要保持严肃性，又要具有灵活性。经过大量的实践探索和经验总结，从事这项工作的一线教师们用生动简练的语言对此进行了概括，这样的概括既便于理解，也易于掌握。初学者应认真思考领悟：
要主动接触，不要坐等回避;要热心真诚，不要冷漠做作;要耐心倾听，不要肆意打断;要讨论启发，不要武断灌输;要实事求是，不要主观臆断;要积极疏导，不要压抑遏制;要因人而异，不要千篇一律;要协同配合，不要孤军奋战;要量力而行，不要盲目包揽;要自觉自愿，不要强迫要求;要平等相待，不要居高临下;要了解尊重，不要猎奇侦讯;要适度接纳，不要指责训诫;要自我领悟，不要包办代替;要科学引导，不要说教附合;要力求内化，不要强迫变化;要守信保密，不要随意张扬;要心悦诚服，不要令人屈从。
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