近年来，大多数科研院所积极探索档案管理创新的途径与方法，积极探索建立部门全覆盖、类别档案管理全覆盖的新模式，充分整合档案信息资源，提升了档案工作的综合管理水平。科研院所的档案工作逐步走上了标准化、规范化、信息化的轨道。
1规范化、科学化的档案管理，是科研院所必须做好的一项基础性工作
当今世界已进入知识经济和信息时代，信息已成为比资本更为重要的战略资源。档案管理工作作为信息业的组成部分，档案作为一种信息资源，作为科研院所科研等活动的真实记录，作为与科研院所同步发展的无形资产，在科研院所管理等方面正积极地发挥重要作用。
在科研院所发展的同时，档案工作不被削弱，建立一套适应本院所业务特点、体现院所规范化、科学管理水平的档案体系，使得档案工作的发展不滞后于科研院所发展速度，全面地记录和反映院所建立、建设和发展的历史过程，是档案管理的重要组成部分和必须做好的一项基础性工作，是一项紧迫的任务。这将为院所各项综合业务、研究工作的开展创造必要条件，对规避和抵御各种风险，提高院所的市场竞争力、推动院所持续发展起重要作用，也是衡量院所管理水平的重要标志。
2档案管理模式上集中统一，实体分部门保管利用是档案管理工作的发展方向
档案工作许多传统的做法和管理模式对做好不同时期的档案工作起到了积极作用。但结合科研院所具体实际情况来看，有一些传统做法似乎不能适应当前院所发展的需要，必须进行创新。其中，包括档案工作收集、整理、鉴定、保管、统计和利用六个环节和一些具体的操作手段的革新。
科研院所的科研项目一旦研究成功，就将享有知识产权，其有关的文件、报表、合同管理是绝对机密，所以这部分档案以分散保存的形式保管。另外，科研院所组织机构众多，涉及院所业务拓展、专项研究、会议公关活动等方方面面，这些部门承担的大量繁重的业务支撑工作。
档案管理也要符合这一特点，要加强对知识产权档案和涉及商业秘密档案的管理，确定院所档案文件材料的归档范围，从组卷的形式到装订的手段，尽量简化档案部门长期推行的一些繁琐的操作步骤和不必要的过程、环节，在模式上集中统一，尽快完成归档程序，尽量缩短立卷归档周期。
在模式上集中统一，即要求院所各部门所保管的档案要相对集中到一人，这样不致因各部门档案的分散保管而使档案管理不便，甚至造成档案损坏或丢失等严重情况。同时，各部门都要复制一套目录交档案部门备份保存，也就是我们常说的目录移交，这样会更清楚地整体记录院所发展和业务管理的轨迹，档案管理工作做到有条不紊，整齐规范，有规可循，有目可查。
3认真研究档案工作中遇到的新情况、新问题，完善档案管理制度，加强档案管理的规范化建设
为使档案信息资源不流失，要建立健全档案管理制度。有了规章制度的规范和约束，才能保证档案工作合理化的实施开展，这也是档案管理工作顺利进行的保证。完善档案工作制度管理应该包含三个方面内容：一是将档案管理制度正式纳入科研院所管理制度，明确管理档案的部门或人员。二是建立健全院所档案工作各项制度，依据制度对有关部门进行档案目录汇集和使用调控。提高职工档案意识，确保档案完整、准确和安全。三是档案管理人员对档案管理的主要环节要照章管理，并纳入科研院所管理运行程序，从而切实把院所档案管理纳入制度化轨道。比如，确定分管领导和专(兼)职档案人员，负责对档案管理的组织协调工作和档案的收集和整理工作。
各部门指定人员为兼职档案员，负责本部门的档案收集、接收、整理、分类、鉴定、保管、统计、移交等工作，业务上受院所档案人员的监督、指导。档案管理人员平时要认真做好收集、整理、管理工作，做到及时、主动收集存档的资料;按时归档、定期整理并经常检查;整理有序，科学管理，分柜存放，方便查找。
要将档案管理工作纳入院所业务管理程序，纳入院所各业务部门、职能部门的职责范围和有关人员的岗位责任制。即部门档案的管理工作做到“三纳入”、“四同步”：纳入工作计划和规划、纳入管理制度、纳入有关人员的职责范围;在布置、检查、总结、验收各项工作的同时布置、检查、总结、验收档案工作。
